В 2013 году научный реставрационный совет монастыря возглавил доктор архитектуры, профессор Андрей Леонидович Баталов. Два года подряд, в 2016 и 2017 годах Донской монастырь становился лауреатом конкурса «Московская реставрация» в номинации Объекты культового зодчества.
Сейчас уже отреставрированы: Малый собор Донского монастыря, церковь Архангела Михаила, Сороковой корпус, башни №4, №5, №11 и №12.
Реставрация здания Семинарского корпуса
Здание Семинарского корпуса в современном виде было перестроено в 1873 году для Донского духовного училища по проекту архитектора Н.Н. Степанова.
В 2014 году Архитектурно-реставрационной мастерской «ФАРОСЪ» по заказу Донского монастыря был разработан проект реставрации училищного дома.
В настоящее время выполнены работы по устройству новой крыши, причем были восстановлены слуховые окна, что дало возможность дополнительно использовать подкровельное пространство. На втором и третьем этажах разместятся гостиничные номера, а первый этаж отведен под трапезную с современным кухонным оборудованием.
При проведении реставрационных работ решались задачи современного инженерно-технического оснащения здания – устройство вентиляции и энергообеспечения, оборудование системой видеонаблюдения и др., что значительно повысит комфортность гостиничных номеров. Рабочими установлены отопительные приборы во всех помещениях, смонтировано современное сантехническое оборудование. Для обеспечения пребывания в здании маломобильных граждан был смонтирован пассажирский лифт. Заканчиваются отделочные работы по интерьерам: покраска стен, навеска дверей, монтаж осветительных приборов (люстры, бра и др.)
Значительный объем работ выполнен по реставрации фасадов и ремонту оконных заполнений. В течение летнего строительного следующего года планируется завершить работы по реставрации фасадов.
Все работы по зданию проводятся силами строительно-реставрационного подразделения монастыря, осуществляющего реставрационную деятельность в соответствии с лицензией Министерства культуры РФ по разрешениям Департамента культурного наследия города Москвы.
«Новый» собор Донского монастыря является главным храмом обители. Строительство нового храма во имя иконы Донской Божией Матери было начато при архимандрите Никоне по обету царевны Екатерины Алексеевны при участии ее сестры царевны Софьи Алексеевны. Строительство храма началось в 1683 году и продолжалось до 1686 года, к этому времени храм возвели до глав. 21 августа 1698 года новый собор был освящен митрополитом Сарским и Подонским Тихоном.
Главным украшением храма являлся семиярусный резной иконостас работы мастеров Посольского приказа и Оружейной палаты.
Современный этап реставрации Большого собора охватывает только фасады храма. В 2022 году Научно-методическим реставрационным советом МК РФ утвержден проект реставрации фасадов, который был выполнен по материалам натурных и историко-культурных исследований. В течение строительного сезона 2022 года были проведены масштабные работы по фасадам: реставрация и укрепление кирпичной кладки стен храма и столбов верхней и нижней галерей; реставрация и восстановление белокаменного декора наличников окон и порталов дверей, сделана замена кровли храма и галереи, проведена покраска фасадов, включая барабаны. В верхней галерее проведена замена оконных заполнений. По всему объему установлены новые оконные рамы, выполненные по историческим образцам, но с применением современных технологий. С началом весеннего строительного сезона работы по фасадам будут продолжены, предстоит восстановление позолоты главного купола, крестов и держащих их цепей, а также покраска куполов боковых глав.
В 2022 году завершились работы по устройству теплых полов в алтаре и на солее храма. Были заказаны утраченные чугунные плиты пола и ступеней солеи, а также отреставрированы сохранившиеся плиты пола.
Строительство стен и башен каменной монастырской ограды было связано со строительством нового Большого собора во имя иконы Донской Божией Матери, который стал центром монастырского ансамбля.
В конце 1950-х – начале 1960-х годов монастырская ограда была частично отреставрирована. Однако за прошедшие годы стены и башни значительно обветшали. Утрачена часть белокаменного декора, кирпичная кладка стен и башен местами была разрушена, в стенах появились сквозные трещины. Локальные ремонты не дали положительного эффекта.
29 июня 2019 года монастырь посетили Мэр Москвы С.С. Собянин и Министр культуры Российской Федерации В.Р. Мединский. Высокие гости ознакомились с состоянием объектов культурного наследия – памятниками Донского монастыря и с ходом реставрационных работ. Было отмечено неудовлетворительное состояние стен и башен монастыря и принято решение о целевом выделении средств на их реставрацию, так как они играют значительную роль в формировании облика прилегающего района.
В 2021 году монастырь за счет субсидий Правительства Москвы выполнил проекты реставрации 8 башен и 14 прясел крепостной стены, по которым в 2022 году подрядной организацией отреставрированы пять башен монастырской ограды. Реставраторы провели большую работу по восстановлению оригинальных белокаменных и кирпичных деталей. Были восстановлены нависающие над толщей стены бойницы – машикули и водометы, воссозданы декоративные навершия башен в виде аркад с белокаменными резными деталями. Каменщики восстановили утраты в кирпичной кладке, отреставрировали оконные и дверные проемы, реставрировали внутристенные лестницы выходов на боевой ход. Были отреставрированы белокаменные цоколи в основании башен. Специалисты-реставраторы выполнили все столярные заполнения окон и дверей по историческим и сохранившимся образцам. Вновь были окрашены стены пяти башен.
Завершение работ по крепостной стене и трем башням монастырской ограды намечено провести за счет средств федерального бюджета под руководством специалистов Министерства культуры в 2023-2025 годах.