Некрополь Донского монастыря является местом упокоения многих выдающихся деятелей русской церковной, политической и военной истории, литературы и искусства. Памятники, сохранившиеся до наших дней, примечательны: белокаменные плиты, барочные саркофаги, пирамиды, жертвенники, гранитные колонны, вазы, урны, архитектурно-декоративные композиции в виде ротонд, беседок и часовен, скульптурные фигуры плакальщиц, ангелов.
Монастырский некрополь включает захоронения грузинских церковных, политических и государственных деятелей (более 100 захоронений), фамильную усыпальницу князей Голицыных (около 100 захоронений). В обители похоронены около 90 участников Отечественной войны 1812 г., 11 декабристов, участники Крымской (1853–1856), русско-турецкой (1877–1878) и Первой мировой (1914–1918) войн.
Здесь можно увидеть художественные надгробия, выполненные выдающимися скульпторами И.П. Витали, Ф.Г. Гордеевым, В.И. Демут-Малиновским, Г.Т. Замараевым, И.П. Мартосом и др. Первые внехрамовые захоронения появляются в Донской обители во второй четверти XVIII в. Среди них – захоронение ротмистра лейб-гвардии Конного полка Г.А. Салтыкова, мужа печально известной «Салтычихи», погребенной здесь в 1801 г.
С «чумного» 1771 г. начинается новый этап в истории некрополя. После запрета хоронить в черте города кладбище Донского монастыря стало стремительно расти, со временем став одним из самых аристократических в Москве. Дореволюционные авторы называли его аристократическим погостом, «Сен-Жерменским предместьем мертвой Москвы». Н.М. Карамзин писал: «…Донской монастырь: почти все приближаются к нему с умилением и слезами: ибо там главное кладбище дворянства и богатого купечества». О значении некрополя Донского монастыря свидетельствует «Завещание» императрицы Екатерины II, написанное в 1792 г. В нем она указала, что если умрет в Москве, то ее следует похоронить в Донском монастыре или на «ближнем городовом» кладбище.
В настоящее время территория некрополя занимает всю юго-восточную часть монастыря. Общая площадь захоронений составляет два гектара. Здесь похоронены знаменитый историк В.О. Ключевский, выдающийся архитектор О.И. Бове, философ П.Я. Чаадаев, поэт и драматург А.П. Сумароков, поэт М.М. Херасков, баснописец И.И. Дмитриев, писатели В.Ф. Одоевский и В.А. Соллогуб, герои Отечественной войны 1812 г. генералы А.П. Тормасов, Д.В. Голицын, А.Г. Щербатов, В.Д. Иловайский, религиозный философ, первый выборный ректор Московского университета С.Н. Трубецкой, «отец русской авиации» Н.Е. Жуковский и многие другие.
Среди знаменитых фамилий, представители которых нашли последний покой в стенах монастыря, можно назвать князей Голицыных, Долгоруковых, Волконских, Вяземских, Урусовых; графов Зубовых, Бобринских, Толстых; дворян Нарышкиных, Глебовых-Стрешневых, Протасовых, Хвощинских и др. В начале XIX в. возле ризницы Большого собора появляется некрополь Пушкиных. Здесь похоронены бабушка поэта О.В. Пушкина, дядя В.Л. Пушкин, тетки А.Л. Пушкина и Е.Л. Сонцова.
На территории некрополя погребены родственники драматурга А.С. Грибоедова, мать писателя И.С. Тургенева, бабушка Л.Н. Толстого. После уничтожения кладбища Алексеевского монастыря сюда был перенесен прах декабриста П.Н. Свистунова; в 1930-е гг. – с Даниловского кладбища прах художника В.Г. Перова. Греческий некрополь монастыря втор. пол. XVIII – перв. пол. XIX в. расположен на участке за апсидами Малого собора. Здесь сохранилось около 20 надгробий представителей видных греческих фамилий, проживавших в Москве и других городах Российской империи (роды Ризари, Горголи и др.)
В начале XX в. с южной стороны обители было заложено новое кладбище. Среди наиболее ранних из сохранившихся захоронений можно назвать могилу председателя Первой Государственной Думы С.А. Муромцева (ум. 1910). Здесь же была погребена дочь А.С. Пушкина М.А. Гартунг, скончавшаяся в 1919 г. В годы лихолетья многие могилы сравняли с землей, надгробия варварски распиливали и использовали для мощения дорог. В 1930-е гг. в Донскую обитель свозили уникальные надгробия из разрушенных или закрытых монастырей и храмов Москвы и Подмосковья. Например, надгробие боярина Федора Бяконта, отца святителя Алексия, митрополита Московского, из Богоявленского монастыря; белокаменные резные надгробия из Андроникова монастыря; прекрасный образец барочного надгробия – саркофаг генерал-поручика графа А.Р. Брюса (1704–1760) из подмосковной усадьбы Брюсов Глинки.
В 2000 г. в Донской монастырь был перенесен прах замечательного русского писателя И.С. Шмелева и его жены; в 2007 г. – останки генерала В.О. Каппеля. В 2005 г. здесь был захоронен прах генерала А.И. Деникина и философа И.А. Ильина вместе с супругами. В 2008 г. рядом с могилой историка В.О. Ключевского был погребен русский писатель и общественный деятель А.И. Солженицын.